不可用于实时监测化学反应、实时监测生物过程和实时监测环境过程。1、实时监测化学反应：实时荧光PCR仪能够实时监测PCR反应过程中荧光信号的累积，并不能用于实时监测其余类型的化学反应，这需要针对每种反应定制专门的荧光探针，而且这种探针的制备和筛选过程非常复杂。2、实时监测生物过程：实时荧光PCR仪也不能用于实时监测生物过程，如细胞增殖、蛋白质表达等。该类过程涉及到的分子数量庞大，且相互作用非常复杂，很难通过单一的荧光信号来准确反映。3、实时监测环境过程：实时荧光PCR仪同样不能用于实时监测环境过程，土壤微生物活动、水体富营养化等。该类过程涉及到的分子种类繁多，且相互作用非常复杂，很难通过单一的荧光信号来准确反映。