区别在于服务的对象和工作原理不同。1、服务对象：电机控制系统主要控制电动汽车的电机，通过控制电机的转速和扭矩来驱动车辆行驶。而发动机控制系统则主要控制内燃机，通过控制燃油的喷射和点火时机来驱动车辆行驶。2、工作原理：电机控制系统主要依赖于电磁效应，通过改变电流的方向和大小来调整电机的转速和扭矩。而发动机控制系统则主要依赖于化学反应，通过控制燃油的喷射和点火时机来调整发动机的转速和输出功率。