由农村合作经济指导司负责。根据中央下发的文件，乡村治理示范村由农业农村部合作经济指导司负责。按照“产业兴旺、生态宜居、乡风文明、治理有效、生活富裕”的总要求，不断深化示范村治理。就是村党组织领导有力、村民自治依法规范、法治理念深入人心、文化道德形成新风、乡村发展充满活力、农村社会安定有序的乡村。