应当配备。根据《中华人民共和国消防法》的规定：公共场所、单位和居民住宅楼道都应当配备灭火器，以应对突发火灾的情况。因此，小区每层楼道都应当配备灭火器。灭火器的配置应当符合相关标准，定期进行检查和维护，确保其正常使用。此外，小区还应建立健全的消防安全管理制度，提供消防安全教育和培训，确保居民对灭火器的正确使用方法有所了解。