位置不同，投用时间不同。1、位置不同：机场南站位于广州市花都区广州白云国际机场1号航站楼，而机场北站位于白云国际机场T2航站楼地底。2、投用时间不同：机场南站于2010年10月30日正式启用，而机场北站于2018年4月26日正式开通并投入使用。