关于员工因会议迟到被公司扣除薪资是否违法问题，其结论需依据具体情况而定。若企业已按照法定程序制定并公布明确规定迟到罚款的规章制度，且罚款金额在合理范围内，则此种做法并不违法。然而，若罚款导致员工实际收入低于当地最低工资标准，或者罚款规定未经法定程序制定与公布，则此类罚款行为便可能构成违法。另外，即使企业有权利进行罚款，也必须遵守公正合理原则，避免任意过高的罚款。因此，判断罚款是否合法的关键在于企业相关制度是否符合法律法规。