水利建设基金申报时计税依据是增值税。

水利建设基金是用于支持地方水利工程建设和维护的重要资金来源。在申报水利建设基金时，其计税依据是增值税而非营业收入。这是因为水利建设基金的征收主要是基于企业的增值部分，即企业所缴纳的增值税。这样做可以更好地反映企业的实际经济状况和对社会经济的贡献。

具体来说，企业根据自身的增值税额来确定应缴纳的水利建设基金金额。这种计费方式有助于激励企业合规经营、积极缴纳税款，同时也确保了水利建设基金的征收更加公平和合理。

值得注意的是，不同地区对于水利建设基金的征收标准和计费依据可能存在差异。因此，企业在申报水利建设基金时，还需要参照当地的具体政策和规定。企业在申报过程中如有疑问，应及时向相关部门咨询，确保申报的准确性和合规性。通过这样的计费方式，既可以保障水利建设的资金来源，又可以促进企业的健康发展。