三都水族自治县的历史沿革错综复杂，涉及多个朝代的更替和政权的变化。夏朝时期，该地区属于梁州东南部。商朝时期，则划归荆州西南部。到了周朝，三都成为越国的领土，兼有牂牁国的部分地盘。秦朝时期，三都隶属于象郡且兰县。汉朝时，这里又是牂牁郡的一部分。进入晋至南朝宋时期，三都的地理归属更为复杂，部分区域属于牂牁郡的东南角，其余部分则隶属于武陵郡的西南角。南朝齐时期，牂牁郡的东南角和齐熙郡的西北角在此地交界。梁、陈时期，三都归南牂牁郡管理。隋朝时期，三都再次划归牂牁郡。唐朝贞观三年，三都境内开始设立行政区划，建立了婆览县，涵盖今三都的恒丰、塘州、合江等地；都尚县则覆盖现今的三都都江一带，当时属于应州管辖，州治设在都尚县。宋朝时期，三都隶属于夔州路的绍庆府，是该府所辖五十六羁縻州的南部东段边地。元朝至元二十六年，三都西南部的烂土等地成立定云府，陈蒙洞改为陈蒙州，合江提升为合江州。至元二十八年，设立陈蒙烂土军民安抚司。明朝洪武年间，三都定云安抚司改为都匀安抚司；洪武二十四年，张均被封为合江州陈蒙烂土长官，隶属于都匀卫。弘治七年，长官司归属独山州，成为新设都匀府的一部分。雍正九年，设立都江厅通判，即今三都水族自治县都江镇，归都匀府管辖。雍正十二年，烂土司地置三脚屯州同，即今三合、大河、普安、中和等乡镇。民国二年，都江厅改称都江县，三脚州同改称三合县。民国三十年，贵州省政府将都江、三合两县合并，改名三都县，三都县治设三合镇，都江县署改为区署。1949年12月6日，三都解放；1950年1月14日，三都县人民政府成立。1956年9月11日，国务院决定撤销三都县，设置三都水家族自治县，同年12月21日，更名为三都水族自治县。1957年1月2日，三都水族自治县正式成立，县治设三合镇，隶属黔南布依族苗族自治州。自那时起，县名和县治一直保持至今。三都水族自治县不仅是全国唯一的水族自治县，还位于贵州省，是连接西南省区南下出海的重要通道之一，也是通往桂林、贵阳、昆明至樟江国家级喀斯特森林保护区旅游线路上的便捷通道。