您提出的问题不够明确。能否详细说明员工将何种物品当作废纸丢弃？公司重要档、商业机密，亦或是其他特别之物？如果员工不慎地将具有重要经济价值或法律效应的公司档当做废纸处理，那么此举很有可能触犯到法律规定。例如，如遇涉及商业机密的档，如此行为可能会给公司带来重大损失，也有违于保密协议。对于此类情况，必须依据实际情况做出相应处理。首先，应尽快着手调查核实相关事宜，厘清损失程度及影响范围。若情节轻微，可以采取批评教育、内部警告或者扣除绩效等措施；但若造成严重损失，则需依法追究其民事赔偿责任，乃至刑事责任。