新生儿在海淀区登记户口所需主要材料包括：1.《出生医学证明》，作为新生儿身份及血缘关系认证。2.父母双方有效的《居民户口簿》、身份证。3.如有婚姻关系则需提供《结婚证》。4.必要时需出示生育服务证（准生证）。另外，若为非婚生育且需跟随父亲落户的话，还须持有有资质鉴定机关开具的亲子鉴定证明。完备以上证件后，向拟迁入地的户籍派出所提交申请，经批准后即可完成户口登记手续。值得注意的是，各地政策要求可能存在差异，建议提前了解并咨询当地相关部门，以确保申报过程流畅无误。