通常而言，员工离职前申请并获得批准的年假不应该扣除工资。依据我国相关法律，年假属于劳动者的法定权益。只要满足年假享有的条件，离职前依法申请并获准休假，用人单位便无权扣除工资。然而，若用人单位有明确且合法的规章制度，对年假的使用及计算方法做出特别规定，且已向员工公示或告知，则可能需要依照此规定执行，但此类规定必须遵守法律法规的强制性要求。如遇离职时用人单位因休年假而扣钱的问题，应与之协商解决，如协商未果，可向劳动监察部门提出投诉或者申请劳动仲裁。