关于工厂克扣员工运费是否构成违法，需依情况而定。如果该运费属于员工应得的合法薪资，且无适当的扣减依据及程序，那么工厂的此种行为明显触犯法律。根据《劳动法》以及其他相关法律法规要求，雇主有责任按照劳动合同约定，准时全额支付员工薪酬。若工厂私自克扣，员工有权追偿。然而，假如员工在运输环节出现过失，造成工厂损失，工厂依法依规，在合理范围内进行扣减，便不视为违法。在此情况下，建议员工首先与工厂协商，了解扣款缘由，若认为不公，可搜集相关证据，如运费计算依据、支付记录等，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以保护自己的合法权益。