将员工毕业证扣押属违法行为。从法律角度分析，员工所持有的毕业证乃通过正规渠道获得的证明文件，理应覆盖在其个人财产及个人信息范围内。依照《劳动合同法》规定，用人单位在招聘过程中严禁扣留劳动者的公民身份证或其他凭证。这就意味着，公司扣押毕业证的行为已对员工的合法权益构成侵害。对此，员工有权要求公司立即归还，若公司仍拒不执行，员工可向劳动监察部门进行投诉举报，甚至依法提起劳动仲裁，以法律手段捍卫自身权益。