破产重整阶段通常不适用妨害清算罪。破产重整是企业破产法实施的一种途径，旨在援助陷困境的企业，帮助其重生。然而，妨害清算罪主要关注的是公司、企业依法清算过程中的不当行为。事实上，虽然破产重整中涉及资产处置以及债务处理等议题，但其法律性质与目标与清算有显著差异。破产重整核心在于借助企业经营策略及债务结构调整，促使企业持续发展壮大；而清算的主要任务是结束企业法人资格，并对剩余财产进行合理分配。若在破产重整过程中发生与妨害清算罪所述相同的严重违法行为，将依据其他相关法律法规进行惩处。