农商银行和村镇银行在金融体系中扮演着不同的角色，它们在性质、股东结构和发展方向上各有特色。

首先，从性质上看，农村信用社是合作性质的金融机构，全称为农村信用合作社，是非银行机构；而村镇银行则属于银行业金融机构，这意味着它们在监管和业务范围上更为规范。

在股东和股权结构方面，农信社由社员集体所有，股东多为个人，股权分散，反映出其社区和合作的性质。相比之下，村镇银行的设立需以一家商业银行为主发起人，其股权结构通常更为集中，可能包括境内外金融机构、非金融机构和个人投资者。

发展方向上，农村信用社的目标是升级为农村商业银行，通过这一过程摆脱非银行机构的身份，因此数量在逐渐减少。而村镇银行则侧重于横向扩张，即增加银行数量，以满足农村和小城镇的金融服务需求，因此数量持续增长。值得注意的是，部分农村信用社在升级为商业银行后，可能会选择设立或参与设立村镇银行。

总结来说，农商银行和村镇银行在本质上、股权结构和业务战略上各有侧重，共同服务于农村金融市场的多元化和深化。