当选择STM32F103C6和STM32F103C8这两种芯片进行编程时，主要的区别体现在以下几个方面：

首先，它们在软件设置上有所不同。在使用Keil4编译器时，对于STM32F103C8，你需要在PreprocessorSymbols下的Define选项中设置为STM32F10X_HD，并启用USE_STDPERIPH_DRIVER驱动。而对于STM32F103C6，同样设置为STM32F10X_HD，但驱动方式可能稍有不同，需要具体确认。

其次，闪存存储器容量是两者的重要区别。STM32F103C6配备了32k的Flash，而STM32F103C8则有64k的容量。尽管现代单片机可以通过外置Flash扩展存储，但内置Flash的大小仍是衡量芯片性能的一个重要因素，更大的Flash意味着更大的存储空间和更持久的运行能力。

最后，启动文件的选择依据芯片的Flash容量。对于STM32F103C8，应使用startup_stm32f10x_md.s启动文件，而对于STM32F103C6，则需使用startup_stm32f10x_ld.s。值得注意的是，启动文件的选择通常取决于Flash的大小，小于或等于32k的设备采用ld.s结尾的文件，而大于32k且小于或等于64k的设备则选用md.s结尾的文件。

通过以上对比，你可以根据项目需求，如内存容量、程序大小和扩展潜力来决定选择STM32F103C6还是STM32F103C8。