铁路运营部门。根据疫情防控的管理规范，列车上发现阳性是铁路运营部门打电话通知的，这也是第一个给你打电话通知你的部门。火车上发现阳性患者，对阳性患者进行隔离治疗疫情防控部门会对阳性患者进行隔离治疗，这是至关重要的一步，毕竟需要从源头处控制疫情的传播。