两者的区别有使用目的和功能权限的不同。1、使用目的：商家用户主要使用支付宝进行收款、交易和资金管理，他们通常经营实体店铺或线上商城，需要支付宝提供支付、收款、账单管理等功能；机构用户通常是指非营利组织、学校、企业等机构，他们使用支付宝的主要目的是进行内部资金管理、员工工资发放、费用报销等。2、功能权限：支付宝商家用户可以享受免费提现、无限制额度收款、多种支付方式（如余额支付、花呗支付、储蓄卡支付和信用卡支付）等权益，同时，商家用户还可以免费获得支付宝提供的安全险服务；支付宝机构用户的主要功能是进行内部资金管理和费用报销，他们可以设置员工账户、发放工资、审批报销等，相对于商家用户，机构用户的功能更偏向于内部管理和协作。