该软件删除不想要的结构步骤如下：1、打开pymol软件并加载蛋白质结构文件。2、在pymol的命令行中输入“selectunwanted，object_name”命令，选择想要删除的结构（假设要删除的结构是名称为“unwanted”的对象）。3、输入“hidecartoon，unwanted”命令，将所选结构隐藏起来。4、输入“deleteunwanted”命令，删除指定结构。