如果军队博士论文不合格，通常会采取以下处理措施：

修改论文：首先，学生需要按照导师或教育机构的指导，对不合格的论文进行修改。这可能包括调整论文结构、修改语言表达、增加新的研究内容等。

再次查重：修改完成后，学生需要再次将论文提交给查重系统进行查重。如果修改后的论文仍然存在相似或重复的内容，学生需要进行进一步的修改。

提交修改后的论文：经过多次修改后，学生需要将修改后的论文提交给导师或教育机构。导师或教育机构会对修改后的论文进行再次评估，如果仍然不合格，可能会要求学生进行更深入的修改。

重新答辩：如果修改后的论文仍然不合格，学生可能需要重新参加答辩。答辩是军队博士研究生培养过程中的一个重要环节，需要学生全面展示自己的研究能力和成果。