南京报恩寺园区以其丰富的历史遗迹和佛教文化为特色，主要包括千年佛光、遗址奇观、舍利地宫、大报恩塔、圣迹博览、实景演出、江南首寺、报恩讲坛、明街明风等。园区内的主要建筑有香水河桥，这座石拱桥总宽745厘米，通厚65厘米，共七层，筑于石板桥底之上。香水河桥之下即为香水河河道，河道横贯南北，两岸及底部皆以长方形青条石铺砌。沿着中轴线，从香水河桥到天王殿之间，有一条由长方形青石板铺砌的主干道，路面宽255厘米，残长23.75米，厚16-20厘米。天王殿是一座带有前廊与月台的五开间、三进深的大型建筑，整体呈"双凸字形"，座落在夯土台基之上。大报恩寺大殿俗称硕妃殿，供奉有硕妃的碑位，每年由礼部按时祭祀，除此之外终年封闭，不许人进入。塔基位于大殿之后，与大殿皆位于大报恩寺遗址北区的中轴线上，距离大殿东侧基槽12米。平面呈正八边形，最大对径约为25米。从外至内分为五层结构，中心部为地宫，圆形地宫直径2.2米。地宫未遭盗掘，保存较好。观音殿位于塔基东侧，为夯土台基式建筑，为三开间三进深的高台式建筑。法堂位于北区中轴线最东端，为夯土台基式建筑，为一三进深的建筑。御碑亭基址共有两座，分别位于中轴线南北两侧，南部为永乐所立御碑，北部为宣德年间所立御碑。大报恩寺琉璃塔建于永乐十年(1412年)，宣德三年(1428年)竣工，九层八面，高达78.2米，甚至数十里外长江上也可望见。塔身白瓷贴面，拱门琉璃门券。底层建有回廊。地宫为圆形竖井式，从原始山体中垂直下挖而成。地宫之内，从上至下以一层石块，一层夯土的方式有规律的填充、夯筑，共39层。在距离地表4.2米处，发现一块边长约0.9米、厚约0.25米的方形覆石，位于地宫中心。覆石提取后，其下露出了方柱状的石函。石函高度达1.5米，边长0.72米，由上部盖板、底部垫板和四周四块壁板拼合而成。其中北壁石板镌刻长篇铭文，题为"金陵长干寺真身塔藏舍利石函记"，介绍了大中祥符四年，金陵长干寺住持演化大师可政和守滑州助教王文等人，得到宋真宗的允许，修建九层宝塔之事，塔高"二百尺"，而塔内地宫中藏有"感应舍利十颗，并佛顶真骨，洎诸圣舍利，内用金棺，周以银椁，并七宝造成阿育王塔，以铁函安置"。