甲方。窗户底标高不平属于建筑图与结构图不符，这种情况是甲方的原因，也比较常见，可以找甲方协调设计院出书面的说明。若经过三方图纸会审依然没有发现问题，那么施工单位需要承担一部分的责任，但主要责任依然由甲方承担。