原因主要是萧若瑾继承了皇位。根据查询爱奇艺得知《少年歌行》中的太师谋反的原因主要是萧若瑾继承了皇位，而不是自己。萧若瑾是琅琊王，是帝位的热门人选，最终却选择了萧若瑾，这使得太师心生不满，从而产生了谋反的念头。