公司年底扣发绩效工资是否违法，应依据实际情况判定。如公司劳动合同或规章制度明确规定了绩效工资发放条件及标准，且员工达标后仍被无故扣除，此时公司行为即为违法。然而，若员工未能完成既定工作任务，出现违规违纪现象，或者公司能够证明扣发绩效工资是根据合理且提前告知员工的考核制度进行的，那么此种扣发行为便可能不构成违法。建议您首先查阅劳动合同及公司相关制度，若对公司扣发行为有异议，可先行与公司协商解决。若协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以保障个人合法权益。