与甘油醛3磷酸脱氢酶活性中心的巯基结合，阻止了底物与酶的结合。碘乙酸抑制糖酵解的原理在于其与甘油醛3磷酸脱氢酶活性中心的巯基结合，阻止了底物与酶的结合，从而抑制了糖酵解的过程。具体来说，甘油醛3磷酸脱氢酶的活性中心巯基能与底物形成共价中间物，而碘乙酸与之结合将阻止这一共价中间物的形成，使甘油醛3磷酸不能被氧化，结果导致糖酵解途径被抑制。