企业秋后算账扣工资是否合法需依情况而定。若无合理解释及根据（如劳动合同或公司规章制度），且扣款行为违反法律规定，则该行为通常被视为非法。依照《中华人民共和国劳动法》及相关法规，用人单位扣除员工工资应有正当理由，例如员工对单位造成经济损失等。此外，扣除后的工资不应低于当地最低工资标准。若您认为公司扣薪不合理、不合规，可要求公司提供扣薪依据与计算方法。若无法达成共识，您可向劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁维护自身权益。