1、首先在东芝999数控操作面板上输入系统密码并打开机床，进入系统菜单，选择“机床坐标设置”。2、其次在“机床坐标设置”菜单中，选择“坐标系统参数”，选择“机床坐标系”，输入机床的各个轴方向的坐标系值。3、最后确定坐标系后，选择“保存设置”并退出菜单，进入加工程序编辑模式，按照设定好的机床坐标系进行加工程序编辑和操作即可。