1、首先需要确定总公司和分公司的盈利情况，包括收入、成本、费用等，根据总公司的盈利情况，计算出总公司的应纳税所得额。2、其次了解分公司的亏损情况，包括亏损金额、亏损原因等，将总公司和分公司的财务报表进行合并，计算出合并后的应纳税所得额。3、最后根据合并后的应纳税所得额，按照规定的税率计算出所得税，将计算出的所得税进行申报和缴纳。