两者区别是性质不同、办理方式不同、充值方式不同。1、性质不同：公交卡是实体卡；电子公交卡是虚拟卡。2、办理方式不同：公交卡需要到专门机构办理；电子公交卡是在智能手机上设置。3、充值方式不同：公交卡需要到指定地点充值；电子公交卡直接在线充值。