两者区别在于价格、功能不同。1、价格不同：2万的经颅磁治疗仪价格更贵，更耐用；5000元的经颅磁治疗仪价格较便宜，质量一般。2、功能不同：2万的经颅磁治疗仪功能更多，治疗效果更明显；5000元的经颅磁治疗仪功能较少，治疗效果不明显。