官方通报医院超收21万医疗费处理方法如下：1、首先全额追回违规使用的医保基金，并按百分之三十顶格扣罚违约金56074.41元。2、然后约谈医院有关负责人，责令其立即整改。3、最后分别移交公安、卫健部门进一步核查处理。