并不是在厦门，是在漳州南靖土楼。根据查询搜狐网可知，在《爸爸去哪儿》第3季的第三站中，节目组去到了南靖土楼，这指的是福建土楼南靖景区，地址位于福建省漳州市南靖县书芦线，这是国家5a级景区，在世界遗产大会上被正式列入《世界遗产名录》，所以《爸爸去哪儿》拍摄地并不在厦门。