工商行政管理部门和人民法院。绿色食品标志商标侵权案件的受理机关有工商行政管理部门和人民法院，在绿色食品标志受到侵害时，中国绿色食品发展中心、绿色食品委托机构可以根据自己的意愿，请求工商行政管理机关查处，也可直接向人民法院起诉，被许可使用绿色食品标志的企业也可参与上述请求。