该员工费用计入的科目是管理费用、销售费用、在建工程费用。1、管理费用：管理部门或后勤人员出差发生的费用，应计入“管理费用——差旅费”科目核算。2、销售费用：销售部门为销售产品、市场推广而发生的差旅费，应计入“销售费用——差旅费”科目核算。3、在建工程费用：对于一些特殊情况的差旅费，如企业基建部门为施工建设而发生的差旅费，会计入“在建工程费用”科目。