合法，土地归国家和集体所有,个人对土地只有使用权而不是所有权。修建水渠是公益性活动，不会为惠及一家而去修水渠的,它也没有改变你土地的性质和用途。只是院子面积小了。这一点可以提出补偿要求。当然各地区政策不一样，最好查询当地官网站获得第一手权威信息。