首当其冲，需明晰贵司所办何种证件及被扣除款项之事实详情。通常情况下，仅因办理证件便扣留员工薪资，且无合法依据及明确约定，此举或涉嫌违法。依据《劳动法》等相关法律法规，用人单位不得任意克扣劳动者工资。办理工作所需证件本属公司职责所在，除非劳动合同有明确约定，且约定内容未触犯法律法规，否则不应由员工支付相关费用。如您对公司扣款行为存疑，可先行与公司沟通，了解扣款缘由。若协商无效，可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，以保障自身合法权益。