员工申请长期假期并不构成违法行为，然而若未签订劳动合同则属非法行为。根据我国《劳动合同法》规定，用人单位须自雇佣之日起满一个月至一年内，与员工签订书面劳动合同，否则，应按照员工每月实际工资，双倍予以赔偿。如由于长期休假导致未签署合同，但该假期得到单位认可并且未超过规定期限，单位将继续具有与员工签订合同的责任。然而，如果员工的长期休假未经批准或者严重违反了公司的规章制度，那么单位将有权依照法律程序进行处置。总而言之，是否违法需视具体情况而定。