定义不同及面对对象不同。1、定义不同。搜查是司法机关为了收集犯罪证据，查获罪犯，依法对被告人以及可能隐藏罪犯或犯罪证据的人的身体、物品、住处和其他有关地方进行搜寻和检查的强制方法，清监制度是为了确保清监效果，副监狱长亲自带队，各职能科室牵头，各监区负责人现场指挥，通过监区自检自查、监区间交叉互查、监狱突击搜查等方式，切实加大对违禁品、违规品的清缴力度，净化监管环境。2、面对对象不同。搜查是面向被告人以及可能隐藏罪犯或犯罪证据的人，而清监制度是对已经犯罪并于监狱服刑的罪犯的肃清制度。