该问题须依据具体情形而裁决。若员工请假符合用人单位相关法律制度，且出于法定理由（如：病假、婚假、产假等），此时雇主扣除工资无疑是违法的。然而，若员工未获批准便擅离职守，或请假超过合理范围，雇主扣除工资则可能并不违法。因用人单位有权根据实际需要及经济效益，依法制定工资支付制度。然而，无论何种情况，扣除工资后的实际发放金额不得低于当地最低工资标准。总的来说，判定雇主扣除工资是否违法，需综合考量请假的合法性、单位规章制度的合理性以及工资支付是否合规等多方面因素。