收集后的种蛋应立即放置在适当的托盘上并存放于架子上。在专设的熏蒸室内，根据每立方米空间使用42毫升福尔马林和21克高锰酸钾的比例进行消毒。操作时，将福尔马林倒入装有高锰酸钾干粉的容器中，以产生熏蒸效果，持续时间为30分钟。在熏蒸过程中，确保房间的门窗紧闭，并保持室内的温度不低于24摄氏度，湿度不高于75%。熏蒸结束后，应排出室内的气体。为了防止种蛋在储存期间再次被污染，在孵化前升温阶段，可采用相同的方法进行一次消毒，但此时用药量可减少至原用量的三分之二。种蛋的消毒也可以通过喷雾法完成。具体做法是将5%的新洁尔灭溶液稀释至0.1%的浓度（即水与5%新洁尔灭的比例为50:1），然后均匀喷洒在种蛋表面。若使用过氧乙酸，则需将其20%的溶液稀释至0.1%的浓度，并均匀喷洒在种蛋上。这两种消毒液均能有效杀灭细菌、真菌和病毒，确保消毒效果。