公司克扣员工加班工资涉嫌违法。根据我国《劳动法》及相关法律法规的规定，加班的员工有权获得相应的加班费。加班费用计算标准具体规定如下：工作日加班，工资不得低于正常工作时间工资的1.5倍；休息日被安排工作且未能得到补休的，工资不得低于正常工作时间工资的2倍；法定节假日加班，工资不得低于正常工作时间工资的3倍。若公司无理扣除员工应得的加班工资，员工可首先尝试与公司进行沟通协商。如协商未果，可向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以保障自身合法权益。然而，若员工加班未经公司批准，或者公司能提供证据证明加班行为违规，则公司可不支付加班工资。