农村自建房3.5米的高度是否合适，需要根据具体地区和用途来判断。在一些北方干燥地区，3.5米层高可能显得较高，而在南方潮湿地区，由于地基较高，一层的高度视觉上会显得更高。对于农村自住房屋，3.5米层高可能会略高，但如果计划建造两层结构，二楼可以相应降低层高，以避免对邻居采光造成影响，并维护邻里和谐。此外，如果自建房位于街道旁作为门面房，3.5米的高度能够使室内更加明亮开阔，因此也是合适的。然而，层高增加会导致建筑成本上升，这与城市商品房层高通常较低以节省成本的做法相反。层高过高不仅会增加建造成本，还可能影响邻居的采光，以及引发农村社会关系中的敏感问题，如被认为压过邻居房子高度的不适当行为。从实用性和节能角度来看，层高过高还会影响冬季室内取暖效果，热气不易聚集；夏季使用空调时，不利于快速降温，造成能源浪费。同时，过高的层高可能会使室内显得冷清，降低居住的舒适度。综上所述，农村自建房无需追求过高的层高，适当控制层高既能够满足居住舒适度，又能维护邻里关系和谐，节约建造成本。