农村房屋确权证与房产证是两种不同的证件，它们之间存在明显的区别。农村房屋确权证，主要是确认农村房地产所有权、使用权及相关权利的凭证，通过一系列登记程序发放，保障房屋所有权人的权益，如拆迁、租赁等情形，提供法律证据。这一证件明确了房地产的权属关系，并赋予了房屋所有人依法享有使用、占有、收益和处分的权利。而房产证，则是购房者通过交易取得房屋的合法所有权后，由不动产登记机关发放的，证明房屋所有权归属的书面凭证。房产证持有者可以对房屋进行任意处分，且买卖不受身份限制。综上所述，农村房屋确权证主要针对农村集体土地及其上的房屋，确认的是使用权和相关权利；而房产证则主要针对城镇房屋，证明的是房屋的所有权。