性质、职责、组成和成员不同。1、时间背景不同。北庭都元帅府是唐朝时期设立的，而宣政院则是明清两朝的官署。2、职责不同。北庭都元帅府的主要职责是管理边疆军事，指挥边疆军队作战，并和周边的吐蕃、回鹘、突厥等民族进行外交往来；而宣政院则是皇帝的机要机构之一，主要职责是处理皇帝的机要文书和命令，监督地方官员的表现，以及管理宫廷内外的事务。3、组成和成员不同。北庭都元帅府是由都元帅、行军司马、行军司马副等官员组成的，而宣政院的成员则由内阁大学士和六部尚书等高级官员组成。