不确定。发烧到39.6度，要想确定是甲流还是新冠，需要进行核算监测，根据监测结果进行判断是甲流还是新冠。甲流全称为甲型H1N1流感，是由猪源性流感病毒感染所引起的一种急性呼吸道传染病。