在有小标题的文章中标记自然段，可以采取以下步骤：1、换行缩进：在每个自然段的开头进行换行，并在该行的开头适当缩进。这样做有助于读者清晰地感知到段落的起始位置。2、使用分隔符：可以在每个自然段之间插入分隔符，如短横线或空行，以此来明确区分各个段落。3、标题编号：为每个自然段提供编号，可以使用阿拉伯数字、罗马数字或其他符号。这样做有助于指示文章的结构层次。4、引用符号：使用引用符号，如双引号或单引号，将自然段内容括起来，以便与上下文有所区别。5、首行缩进：在每个自然段的开头进行首行缩进，即在第一行开头缩进一段距离，这也有助于增强段落感。