合并后的公司应对员工进行补偿，可以采用现金支付、股权支付或债权支付等形式。现金支付虽然一次性解决问题，但对企业资金流造成压力；股权支付受公司法和政府限制，难以操作；债权支付可减轻企业负担，但需获得政府批准，避免违法风险。

法律分析

依据《劳动法》规定，公司合并后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素变化，员工有权自由选择去留。若员工选择离开，公司需要对员工进行相应补偿。对员工实行补偿通常有以下几种方式：

1、现金支付形式现金支付形式就是要求企业以现金支付给员工作为解除长期劳动合同的经济补偿金，对于现金流充裕的企业来讲，这种方式是可以接受的，而且是一次性解决，没有为改制后的企业留下什么后遗症，但是这种方式将极大的侵占企业的资金流，降低了企业抵御风险的能力，使得企业很容易陷入危机之中。

2、股权支付形式股权支付形式就是直接将企业的净资产以经济补偿金的方式落实到每个员工上，企业改制后，形成员工对于改制后企业占有的股权。虽然这种方式在相关文件政策上是允许的，但是在操作中却有两个明显障碍，首先是由于《公司法》对于公司股东人数的限制，使得员工持股的人数受到限制，同时由于员工持股会等持股载体的组建已经很难再得到有关部门的审批，那么员工以何种身份、方式持股是首先需要解决的问题；其次员工集体持股方式在大多数地方已经行不通，地方政府更多的希望由原来企业的经营层绝对控股改制后企业，不支持所有员工共同持股。因此，从以上两点看，以股权形式支付员工经济补偿金也不是一种很好的办法。

3、债权支付形式如果改制企业的支付能力比较差，为了缓解支付改制成本给企业生产经营带来的压力，可以将员工的经济补偿金转为改制企业的负债，同时减少相应的企业净资产。企业改制后，员工持有改制后企业的债权，并根据相应的规定和条件获得清偿。改制企业以债权形式支付员工经济补偿金，一定要获得上级主管部门和政府的批准，以避免改制后违反《会计法》和《税法》的风险。

结语

根据《劳动法》规定，公司合并后，员工有权自由选择去留，并且应当获得相应的补偿。对员工实行补偿有多种方式，包括现金支付、股权支付和债权支付。现金支付方式虽然一次性解决，但会侵占企业资金流，降低企业抵御风险的能力。股权支付方式受到公司法限制，且员工集体持股方式已不太可行。债权支付方式可减少企业净资产，但需获得上级主管部门和政府批准，以避免违反相关法律法规。因此，选择适合企业实际情况的补偿方式至关重要。

法律依据

中华人民共和国合伙企业法（2006修订）：第八章重整第一节重整申请和重整期间第七十七条在重整期间，债务人的出资人不得请求投资收益分配。

在重整期间，债务人的董事、监事、高级管理人员不得向第三人转让其持有的债务人的股权。但是，经人民法院同意的除外。

中华人民共和国合伙企业法（2006修订）：第八章重整第一节重整申请和重整期间第七十六条债务人合法占有的他人财产，该财产的权利人在重整期间要求取回的，应当符合事先约定的条件。

中华人民共和国合伙企业法（2006修订）：第八章重整第三节重整计划的执行第九十条自人民法院裁定批准重整计划之日起，在重整计划规定的监督期内，由管理人监督重整计划的执行。

在监督期内，债务人应当向管理人报告重整计划执行情况和债务人财务状况。