组成上、应用上的区别。1、组成上：农药登记微生物菌剂是指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质作为吸附剂（如草炭、蛭石），吸附菌体的发酵液加工制成。微生物制剂是大量使用类似活菌酵素或是以糊精、米糠麸、黄豆粕和黄豆粉为载体所制成。2、应用上：农药登记微生物菌剂用于农作物、土地、土壤。微生物制剂应用于垃圾中转站、垃圾填埋场。