原理不同、结构不同。。极性氨基酸和非极性氨基酸的区别如下：1、原理上：根据相似相容原理，极性溶质溶于极性溶剂中，非极性溶质溶于非极性溶剂中。水经常作为溶剂，其是极性的。所以极性氨基酸可看作是溶于水的氨基酸，反之，则不易溶于水。2、结构上：可以从氨基酸结构来看，氨基酸的性质主要取决于侧链基团R，如果R只是H或是C、H两元素组成的话，都是疏水的，如果含有极性侧链基团，如-OH、-SH、-COOH、-NH2等，那么这个氨基酸就是极性的。