深圳限行预约申请的方法如下：第一种方式是在深圳交警官网进行预约申请。只需填写一些基本信息，例如车牌号、车辆类型、车架号后4位、车辆所有人、电话号码以及申请日期等，并提交审核。如果审核通过，便可以领取深圳限行通行证。另一种方式是通过微信进行申请。首先，在微信中搜索并关注【深圳交警】公众号，然后进入办理业务菜单，选择申请通行证（外地车）选项。填写相关的车主和车辆信息后，提交申请即可。